Recommandations pour la normalisation de la nomenclature taxonomique ouverte (identifications basées sur des images)

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Recommandations pour la normalisation de la nomenclature taxonomique ouverte (identifications basées sur des images)

Message non lu par DocTroll »

Le titre peut faire peur, et pourtant nous utilisons déjà cette nomenclature ouverte lorsque l'on cherche à identifier les sujets que l'on photographie.
L'article vise ici le remplissage des bases de données scientifiques pour essayer d'harmoniser la façon de nommer les sujets selon la profondeur d'identification que l'on a pu avoir.
Comme nous nous servons parfois de ces bases de données et que nous sommes susceptibles de voir utilisées ces abréviations nouvelles, j'ai pensé que ça pouvait intéresser environ 1,5 personnes sur ce forum :D

Recommandations pour la normalisation de la nomenclature taxonomique ouverte pour les identifications basées sur des images
Tammy Horton 1*, Leigh Marsh 2,3,4, Brian J. Bett 1, Andrew R. Gates 1, Daniel O. B. Jones 1, Noëlie M. A. Benoist 1,2, Simone Pfeifer 1,2, Erik Simon-Lledó 1, Jennifer M. Durden 1, Leen Vandepitte 5 and Ward Appeltans 6
1 National Oceanography Centre, Southampton, United Kingdom
2 Ocean and Earth Science, University of Southampton, Southampton, United Kingdom
3 Charles Darwin Research Station, Charles Darwin Foundation, Puerto Ayora, Ecuador
4 Exploration Technology Lab, National Geographic Society, Washington, DC, United States
5 Flanders Marine Institute (VLIZ), Oostende, Belgium
6 Ocean Biodiversity Information System (OBIS), IOC Project Office for IODE, Intergovernmental Oceanographic Commission (IOC) of UNESCO, Oostende, Belgium


L'article est disponible gratuitement ici en version complète (figures incluses !)
https://www.frontiersin.org/articles/10 ... 20702/full

Abstract traduit :
Cet article recommande les meilleures pratiques pour l'utilisation de signes de nomenclature ouverte (ON) applicables aux analyses fauniques basées sur des images. Il s'agit de l'une des nombreuses initiatives visant à améliorer la saisie des données sur la biodiversité afin d'améliorer la fiabilité des ensembles de données biologiques et leur utilité pour éclairer les politiques et la gestion. Les analyses de la faune à base d'images sont de plus en plus courantes mais présentent des limites quant au niveau de précision taxonomique pouvant être atteint, qui varie selon les groupes et les méthodes d'imagerie. Ceci est particulièrement critique pour les études en haute mer en raison des difficultés à parvenir à des identifications fiables au niveau des espèces de taxons inconnus. Les suffixes ON indiquent un niveau standard d'identification et améliorent la clarté, la précision et la comparabilité des données sur la biodiversité. Nous fournissons ici des exemples d'utilisation recommandée de ces termes pour la saisie de bases de données en ligne et la préparation de catalogues morphospécifiques. Parce que les processus d'identification diffèrent lorsque l'on travaille avec des spécimens physiques et avec des images des taxons, nous nous appuyons sur les recommandations précédemment fournies pour une utilisation spécifique avec des identifications basées sur des images.

Image

Les suffixes concernés et une brève description :
  • sp. : Species (SIngular)
    Le niveau Genre + espèce est le niveau de base taxonomique standard auquel aspirent généralement les études écologiques. Cependant, dans de nombreuses identifications basées sur des images, il n'est pas possible de connaître avec certitude l'identité au niveau de l'espèce d'un organisme. Dans de tels cas, le taxon reçoit généralement le signe ON sp. : C'est-à-dire Genus sp.
    L'utilisation de cet élément seul est déconseillée, car elle n'indique pas la raison pour laquelle l'identification n'a pas été déterminée au niveau de l'espèce.
    Le terme devrait complété par un qualificatif supplémentaire, soit stet. (stetit) ou indet. (indeterminabilis). Lorsque ni l'un ni l'autre de ces termes ne s'applique, par exemple dans le cas de nouvelles espèces confirmées mais non décrites, un code d'identification de taxon unique (par exemple, Eurythenes sp. DISCOLL.PAP.JC165.674) doit être utilisé. Les codes alphanumériques simples sont couramment rencontrés à la fois dans les publications et les bases de données (c'est-à-dire, Eurythenes sp. 1 ou Eurythenes sp. A) et doivent être évités. Il est peu probable que ces codes simples restent des identifiants uniques au-delà de l'ensemble de données en question.
    ^
  • spp. : Species (Plural)
    Indique la présence de plus d’une espèce du même genre, dont l’identification n’a pas été réalisée. Utilisation également pour indiquer un complexe d'espèces par exemple dont les espèces sont visuellement très similaires à moins qu'une vue extrêmement rapprochée des éléments caractéristiques ne soit obtenue. Peut être utilisé lorsque l’identification au niveau de l’espèce n’est pas appropriée, par exemple lorsqu'il peut être nécessaire de fusionner les taxons et étiqueter ce nouveau groupe fusionné, qui contient plus d'un taxon, Family spp. ou Genus spp.
    ^
  • stet. : Stetit
    Signifie que l'identification en est restée ici, à ce rang taxinomique. Stetit peut être utilisé pour diverses raisons, qui nécessitent des éclaircissements :
    - un choix de ne pas aller plus loin (je n'ai pas tenté d'aller plus loin, je me suis arrêté là)
    - une impossibilité d'aller plus loin (même si j'ai fait tout mon possible pour identifier cet animal à un rang taxonomique inférieur, Je n'ai pas l'expertise / le temps / les ressources d'identification disponibles, donc c'est le rang le plus bas auquel je peux identifier le taxon)
    ^
  • indet. : Indeterminabilis
    Signifie que le taxon est indéterminable au-delà d'un certain niveau taxonomique (caractères de diagnose non visibles ou déterminables dans l'image). Ce signe ON peut être appliqué à n'importe quel rang taxonomique.
    ^
  • inc. : Incerta
    Signifie «identification incertaine» et remplace l'utilisation du symbole de point d'interrogation «?». Ce signe ON peut être utilisé à tous les niveaux taxonomiques de l'identification et comme il indique que l'identification n'est pas absolument certaine, il doit être ajouté après le rang d'incertitude (par exemple, Chimaera gen. Inc .; Hydrolagus trolli sp. Inc.). Doit être utilisé lorsque les caractères sont visibles, mais l'identification reste incertaine (certitude absolue impossible) [différence avec indet.]
    ^
  • sp. aff. : Species affinis
    Sujet identifiables à une entité proche ou ayant une affinité avec un taxon connu (famille, genre ou espèce), mais avec une distinction claire.
    ^
  • cf. : Confer
    Issu du latin confer, ce qui signifie être comparé avec. L'utilisation de cet ON indique que l'identifiant ne peut être certain de l'identité de l'espèce (ou d'un rang taxonomique supérieur) jusqu'à ce qu'une comparaison plus détaillée puisse être faite, par exemple avec un type ou un matériel de référence, ou pour consulter un expert taxinomique. Très largement utilisé dans les identifications basées sur des images pour indiquer que l'identifiant pense que l'espèce est similaire, ou correspond très probablement à une certaine espèce (ou à un rang taxonomique plus élevé), mais il ne peut pas le dire avec certitude sans une étude plus approfondie de plus d'images. ou un spécimen physique.
    Comme les termes cf. et aff. sont souvent confus et que leur usage actuel est incohérent, le terme cf. est déconseillé dans l'application aux identifications basées sur des images, et en particulier pour une utilisation dans des ensembles de données en ligne. Lorsque les caractéristiques diagnostiques ne sont pas claires, le niveau d'identification le plus bas doit être remonté d'un rang à, par exemple, Calamocrinus sp. indet. (ou Calamocrinus diomedae sp. inc.) au lieu de Calamocrinus cf. diomedae, et les informations concernant l'identité probable de l'espèce doivent être incluses dans le champ Marques d'identification et / ou dans la section de texte correspondante d'un catalogue d'images.
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Recommandations pour la normalisation de la nomenclature taxonomique ouverte (identifications basées sur des images)

Message non lu par Gembou »

Ben, il n'y a pas que moi qui propose des trucs qui font mal à la tête :roll:
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Message non lu par DocTroll »

Gembou a écrit :
22 févr. 2021, 07:46
Ben, il n'y a pas que moi qui propose des trucs qui font mal à la tête :roll:
mdr
Je l'attendais celle-là :lol2:
Je ne te compte pas dans les 1,5 alors :D
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